夜色如墨人类起源之谜是一个能引起人类无尽遐想的话题。 千百年来，诸多声名显赫的人物提出了许多惊世骇俗的理论，并言称自己诠释或揭示了人类起源的问题，例如神创论、外形起源论、大海起源论、化学进化论等。 但是在人类智慧越来越强大的聚焦之下，很多假说都被推翻，最后人猿同祖论成为了主流学说。
1863年，英国博物学家托马斯·赫胥黎出版了《人类在自然界的位置》，把人和灵长类动物的身体结构作了详细的比较，由此证明人是猿类的近亲，他提出了一个崭新的观点，即人是由古代的类人猿逐渐变化来的，或者说人是和猿从同一个祖先分支而来的。 他是第一个提出“人猿同祖论”的科学家。
1871年，达尔文出版了《人类起源和性的选择》，详细列举了人和动物在胚胎和身体构造上的一些相似之处，进而来论证人与动物的关系。 他在书中还举出一些在有的动物身上很发达却在人的身上由于不再有用或用得很少而退化的肢体，如尾巴，来论证人类与动物的“血缘关系”。
达尔文提出的“人猿同祖”的观点与基督教“上帝造人”的说法是对立的，因此便遭到了学术界落后势力和基督教会的强烈反对。 1860年6月，即达尔文的《物种起源》出版的次年，英国科学促进会在牛津召开会议，会上有3篇论文攻击达尔文。 当时达尔文没有出席这次会议，他的好友赫胥黎参加了会议。 由于主教根本不懂生物，但他依仗宗教的权威，提出：“按照达尔文的观点，一切生物都起源于某种原始的菌类，那么我们人类就跟蘑菇有血缘关系了。 ”然后，他又恶毒地攻击赫胥黎道：“请问，按照他的关于人是从猴子传下来的信念，那么跟猴子发生关系的究竟是你的祖父一方，还是祖母一方？”
幸好现代科学的发展帮助了科学家，他们可以使用各种新方法与新技术来界定人类、猿类和猴子三者之间的关系。
他们得出的结论是：黑猩猩与人类的关系最近，它们和人类是共同的祖先，但从700万年前开始分化开来；再往前200万年，大猩猩又从那时的共同祖先分化出去；其他的猿类在时间上和亲缘关系上，就更早地与人类分化了。
