神秘的森林1677年发生了两件令牛顿备感痛心的事。 先是巴罗去世了，几个月之后，奥尔登伯格也辞世了。 这都是牛顿最敬爱的知心人。
47岁的巴罗教授英年早逝，这让牛顿极度伤心。 对于牛顿来讲，巴罗是他最好的良师益友。 正是巴罗，第一个发现并赏识牛顿的才华，以他敏锐的洞察力对这个后起之秀提供了无私的帮助和关怀。 当他看到牛顿在数学、光学、力学等方面的学识超过自己时，毅然把“卢卡斯讲座教授”这个世界上最著名的讲席之一让给这位年仅26岁的年轻人。 巴罗是皇家学会最早的一批会员，牛顿制造成功第一架望远镜，被皇家学会接纳为会员，就全仗巴罗教授的极力推荐。
在牛顿还没有完全从巴罗去世的悲伤中恢复过来时，又一噩耗传来了，皇家学会秘书奥尔登伯格离开了人世。 奥尔登伯格和威尔金斯一样，都是皇家学会的创始人，他们对自然科学有着广泛的兴趣，但是缺乏专业研究。 牛顿和皇家学会的许多成员还不是很熟悉，他和皇家学会的联系主要是通过和奥尔登伯格的信函来往进行的，牛顿不仅在科研上与他共议，就是生活中，也经常向他倾诉自己的衷肠。
奥尔登伯格的去世，使牛顿又失去了一位关怀他的人，这使牛顿不再经常性地去伦敦参加什么学术例会，在科学上他也沉默了。
1678年，科学怪才罗伯特·胡克继奥尔登伯格之后当选为皇家学会秘书。 胡克是皇家学会第一批会员，由于他心灵手巧、多才多艺，活跃在科学界，不久就被推荐为学会干事和实验所的评议员，人称他为“皇家学会的台柱子”。 胡克上台后，为了表示对牛顿的友好，于1679年11月给牛顿又写了一封很有礼貌的信，希望他能把最近的科学发现告诉皇家学会，并且告诉他有个法国人莫桑第斯提出了有关行星运动的新解释，他问牛顿对此有何看法。 牛顿也感觉到他过去对胡克的态度过于冷淡，因而在回信中也以友好的态度回答了胡克的问题。 不仅如此，为了表示“和解”，牛顿决定给胡克出一个科学上的小难题。 因为牛顿知道，胡克是一个爱表现聪明也的确聪明的人，解难题是这个人的最大乐趣。 果然，胡克对这个问题产生了极大的兴趣，好像着迷一样做着实验。 正是对这个问题的讨论，使牛顿自己也回到了对引力的研究上。
牛顿给胡克的那个“小难题”就是对地球自转的证明。 自从哥白尼学说公布以来，已被越来越多的学者所承认，哥白尼学说的核心思想就是“日心”和“地动”，地球自转应是一个不成问题的问题。 然而，牛顿这个问题的不平凡之处在于，过去没有人提供过地球自转的直接证明，而只是依靠观察太阳和星星位置的变动来提供间接证明。
牛顿问：有什么直接证据可以说明，地球表面的东西确实和地球一起以每小时数百英里的速度绕着地轴旋转呢？他说，如果你站在地球上向空中垂直抛起一个球，那么这个球必定会垂直落下回到你的手中；如果你垂直向上跳起，也必定会落在原地。 为什么会这样？是因为地球有引力的缘故，这个引力是从物体开始直到地心的一条垂直连线。 所以地面上的物体或天空的飞鸟等不会被抛到太空中去。 牛顿继续说，如果有一个离地面很高很高的物体，比如说，有一根垂直地面向上延伸好多英里高的旗杆，从旗杆顶上有一块石头落下来了，那么，石头下落的路线是直线还是曲线呢？牛顿设想，很高的高空和低空的物体下落情形是不一样的。 如果这个石头同低空下落的石头一样，走着垂直的路线，即落到旗杆的脚下，那么证明地球不是自转的。 因为这时的引力很小，如果地球是自转的，那么这石块下落就不应走垂直的路线，而且不应落到旗杆脚下，而应落到旗杆偏东的地方。 因为在同一时间内，在一个同心圆上，半径大的点比半径小的点划过的圆弧要长，旋转的速度要快。 这好比转动的车轮，车轮边缘上任何一点必定会比靠近车轴上的任何一点划过的圆弧要长，旋转的速度要快。 这个例子可以用来类比旗杆。 在很高很高的旗杆上放的石头，在同一时间内所划过的圆弧必定比旗杆脚根上的点划过的圆弧要长得多，旋转速度也要快得多。 又由于地球是由西向东旋转的，因此，由旗杆顶上落下来的石头必定会落在旗杆偏东的地方。 牛顿断言，石头下落应该是螺旋的路线。
由于这个小难题关系到一个大理论，胡克在一次学会的会议上宣读了牛顿的这封信。 会员们也极为感兴趣，委托胡克来亲自做这个实验。 胡克在仔细研究这个问题后发现：牛顿的结论并不是十分正确的。 胡克认为，如果石头是在地球赤道上空的某点掉落，那么牛顿的推论是正确的；如果不是在赤道上空而是在别的什么地方，比如在北半球的伦敦，那么这个推论就是不正确的，石头的落地点不是在旗杆的偏东方向，而是在东南方向；而且，石头下落路线也不是螺旋形，而是类似椭圆上的一段弧。
牛顿和胡克在讨论这个问题时曾有言在先，不管谁对谁错，都不把讨论结果公布于众。 可是胡克在确认自己的结论正确时兴奋极了，不愿放过让牛顿出洋相的好机会。 在一次学会的例会上，胡克用实验证明了牛顿的错误，让牛顿一时下不了台。
在1691至1692年期间又接连发生了两件事，使牛顿的神经再次受到刺激，患了严重的神经衰弱，甚至有些失常。
第一件事是他母亲的去世。 牛顿回剑桥后，母亲就患了重病，牛顿赶回伍尔索普去看望。 母亲汉娜这时已是81岁高龄，卧病在床，看到大儿子回到身边，眼泪不禁簌簌地流了下来，她已经无法大声说话了，只能用那微弱颤抖的声音呼唤着“伊萨克……伊萨克……”
牛顿扑到母亲床前，看到母亲的惨淡情形，知道她一定是想起了伤心之事。 因此，他尽力安慰着母亲，说儿子现在已经有出息了，做出成绩来了，请母亲不要伤心。 虽然牛顿自己也不知道他“出息”在哪些地方；尽管他的确做出成绩来了，但是得不到社会的赏识，使他没有得到应得的东西，直到如今仍是孑然一身，穷困潦倒，但他也必须要这样来安慰母亲。
听着母亲的临终嘱托，牛顿一一点头答应，心里非常难过。 牛顿和他的弟妹们日夜悉心地照料着已经垂危的母亲。 没过多久，这位伟大的母亲就离开了人世。
非常遗憾的是，在这位伟大的母亲离去的那一刻，她还不知道自己为人类生下了一个多么伟大的儿子！
处理完后事，牛顿带着极度的悲伤回到了剑桥。 由于精神恍惚，一天早晨他到剑桥大学礼堂去做礼拜时，不知怎么忘记了熄灭蜡烛，结果蜡烛被风吹倒，把摆在桌上的《光学》和《化学》手稿以及其他一些论文烧掉了。 他完全被这场面惊呆了，他愣在那半天不知怎么办才好。 幸好没有把房子烧掉，但是他半生的心血都被烧掉了。 《光学》是牛顿一生中仅次于《原理》的最重要的一部著作，从1672年就开始撰写，手稿在此之前已经全部写好，只是由于种种原因，主要可能是由于胡克还在，未付诸出版。
牛顿一生近四分之一的时间都花在了化学和炼金术上，并经常同波义耳等化学家讨论有关化学问题，在这方面也肯定积聚了不少研究成果和见解，他的这方面心血便结集在《化学》一书的手稿中。 根据专家考证，1692年因失火烧毁的《化学》手稿，也是一部科学巨著，如果不被烧毁的话，在牛顿的头衔上面，可能会加一个“化学家”的称号。
牛顿懊恼极了，几乎一个月昼夜不停，他开始重新撰写《光学》手稿，至于《化学》，他再也没有精力去管它了。
但是，由于长期的各种因素的积聚，这位巨人再也支持不住，终于精神崩溃了。 长年累月的科研工作，尤其是18个月撰写《原理》的那紧张的日日夜夜，呕心沥血；在《原理》出版过程当中和胡克的争论以及《原理》出版之后由于不被理解而遭到各方面的批评、指责和攻击，使他为了辩论而大伤脑筋。 他是一个极端爱护自己声誉的人。 成为国会议员之后，前后生活的反差使他感到灰心丧气，各种谋职的努力又接连受到挫折，使他感到事事不如意，母亲之死和手稿被烧使他的精神犹如雪上加霜。 他终于再也无法承受而垮了下去。 从1692年9月开始，他连续五夜不眠，吃不好，睡不香，精神紊乱，情绪激动，总是为一些小事而大发脾气。 他一时明白一时糊涂，行为怪异，并怀疑他的朋友们都抛弃了他，妄想迫害他、折磨他。
在众多朋友的关心和帮助下，经过几个月的治疗和调养，牛顿渐渐恢复了健康，头脑也清醒起来，他给朋友们写信对得病期间的失礼表示歉意。 然后他集中精力，再次全身心地投入到他的研究工作之中。 他着手改进他的月球运动的理论，并写信给弗拉姆斯蒂德，希望他把天文观测的最新数据寄给他；他还为《原理》的再版做了补充和修改；他一有时间就扑进实验室，像过去一样，再度忙于他所心爱的化学实验；他重新撰写《光学》一书并改进有关理论；而在这同一年，他还开始了古代史和年代学的研究和写作。
对于牛顿来说，1696年是一个具有真正意义的划时代的年份。 这一年牛顿54岁，但是对于他的事业生命来讲，这一年恰巧把它划分为相等而又不相同的两个阶段。 从1665年鼠疫期间开始科学生涯，到1696年基本结束，共31年时间；从1696年担任政府官员，开始从政之路，到1727年逝世，正好也是31年时间。 前一段他是科学家，后一段他是政治家——但说实话，他实在称不上是位政治家，尽管他为英国的货币改革做出了出色的贡献。
牛顿天生是一个伟大的科学家，但天生就不是一个政治家！
但是他偏要放弃自己心爱的科学事业而去从政，去从事自己并不喜爱的职业。 这好像是难于理解的，实际上也并不难理解——或许这就是社会的悲剧：科学生涯带给他的是冷冷清清，一贫如洗；而上流社会带给他的却是荣华富贵，无尽享受。 虽然后者贡献远远不如前者大，但是，社会就是这个样子，连牛顿这样的巨人也无法抵挡这种诱惑。
