雨中漫漫1985年夏末，正值日本传统节日盂兰盆节，从 7月中旬起，日本的政府机关、企业和学校陆续放假。 日本人有在这个节日期间拜祭祖先的传统，常会返回出生地和家人团聚，以营运国内航线为主的羽田机场自然一片繁忙景象。
8月12日，日航123号在18号停机坪上整装待发，准备飞往大阪伊丹机场。 日航123号使用的波音747SR客机是日本国内线专用的短程高承载型客机，又采取非常高比例的经济舱座位配置，载客人数远高于一般同级客机，所以，机上装载了509名之多的乘客以及负责载着他们到达目的地的15名机组成员。
机组成员中，为首的是日本航空的资深训练机长、时年49岁的高滨雅己，他负责无线电并监督坐在机长位的副机师。 39岁的副机师佐佐木祐负责驾驶。 他们都是经验十分丰富的驾驶员，高滨的飞行时间达12400小时，在日航任机长已近 20年。 佐佐木的飞行时间也达9000多小时。 46岁的资深飞航工程师福田博也在此航班。
18时12分，日航123号从18号停机坪驶至16L跑道后滑行起飞。 飞机起飞后不久，空姐开始给机上的小朋友分发玩具米老鼠作为纪念品，由于是假期，飞机上的小乘客很多，仅吉崎夫妇一家就带了3个不满10岁的孩子，可想而知，当时的机舱内该是多么的喧嚣吵闹。
在机上空乘人员们忙碌的同时，26岁的空中小姐落合由美却坐在机尾部56—C的位子上，拿着一本杂志悠闲地看了起来，这可不是她忙里偷闲，她此时的身份是一名普通乘客。 落合1979年1月到日本航空公司当航空小姐，1983 年被提升为机上助理事务长。 1984年12月，她同在日航子公司工作的落合可之结婚。 落合可之的工作单位在大阪，落合由美这次好不容易攒了6天假，所以她这一天下午 3 点刚刚下班，就兴冲冲地登上123班机，去同好久未见的丈夫团聚。
起飞12分钟后，在相模湾爬升时，飞机突然发出爆炸声，机上警报器自动开启。 落合扔掉手中的杂志，惊慌地抬头观望，发现机尾顶部出现了一个直径约 1.5米的大洞，机尾部洗手间的天花板也跟着飞落，随后一大股白雾从洞口涌进机舱。
身在驾驶室的机长自然看不到飞机的垂直尾翼已有一大半损毁脱离，他只知道飞机出现了很大的问题，于是焦急地对驾驶员说：“关掉信号器！你发现了什么故障？赶快检查起落架！”
在机长与驾驶员正设法排查故障的同时，客舱内的空姐通过扩音器向旅客们说：“请大家立即戴好氧气面罩！”
驾驶室内，机械师向机长和驾驶员报告说：“液压装置压力下降。 ”
液压系统也发生故障，机长决定回航至羽田。
机长向东京地面站报告：“我是JAL123班机，我们遇到了麻烦，请允许返回羽田机场，请允许飞机降低高度。 ”
地面站回答：“同意你们的请求。 ”
18时30分，机舱内氧气面罩的氧气供应中断，客舱事务长正式宣布飞机发生了严重故障。 乘务员指示乘客穿上救生衣，手扶椅垫，上身伏在两膝之间，以应付发生最坏事态。 有些乘客因恐惧而手忙脚乱，怎么也穿不上救生衣，落合帮助客舱后部的乘客穿好救生衣，又回到座位上。 还好，机舱内没有出现骚乱，可是人们的神情极度紧张。 虽然乘客中并没有其他人比落合更了解飞机的航行，可是根据飞机颠簸的剧烈程度以及机内种种危急情况，不少乘客已感到凶多吉少。
家住大阪府箕面市的谷口正胜颤抖着掏出一支铅笔，在座位前的纸口袋上写了几个字：“真知子，大阪箕面，要培养好孩子，谷口正胜，18点30分。 ”写好后，他把自己的汽车驾驶执照也放进了纸口袋。 谷口有两个儿子，一个读中学，一个上小学。 他这次是去东京出差，登机前还给家里去电话说，如乘不上飞机，便第二天早上乘新干线回去。 不幸的是，他最终还是买到了一张退票，登上了123号这架死亡班机。
在谷口给家人留下遗言的同时，神奈川县藤泽市的河口博次也在飞机剧烈颠簸的情况下，艰难地在工作日记本上写了七页纸：“麻里子、津庆、知代子：你们要齐心协力，帮助妈妈干事情。 爸爸实在太遗憾了，肯定无救了。 原因不明，已经5分钟了。 我这辈子再也不想坐飞机了。 你们求神保佑我吧。 没想到昨天同你们吃的是最后一顿饭。 机内好像什么东西爆炸了似的，冒出了浓雾，飞机在下降。 津庆，拜托你了。 孩子妈，遇到这种事令人遗憾，永别了，孩子的事全拜托你了。 现在是18点30分，飞机盘旋着急剧下降。 到今天为止，我的人生是幸福的，感谢你。 ”
其后，航机因液压油渗漏而引致操纵面无法控制，凡是可以损坏的设备几乎已经全部失灵，机组成员晕头转向，甚至不知道自己的飞机到底身在何处。
18时55分，机长再次向地面报告：“JAL123班机失控，请报告我们所处的位置。 ”
地面站回复：“根据雷达显示，你机在熊谷以西46公里处。 我们随时准备接待你机的降落，备降机场是根田机场，地面已做好一切准备。 请报告你们的打算。 ”
123号航班哪里还有选择在何处降落的能力，它已经彻底失控，只有引力和风能够决定它将何去何从。
18时56分，经过机长、副机师及飞航工程师的努力，仍无法让飞机安全降落，只能眼睁睁地看着它飞速地冲向大山。 18时57分，123班机从雷达屏幕上消失。 控制中心仍能听到高滨机长同佐佐木副驾驶员的对话，高滨机长不断指示佐佐木“抬高机头”，一会儿喊“向左”，一会儿又喊“向右”。 显然飞机在急剧下降，高滨和佐佐木在极力避免飞机同山峰相撞。 他们的对话越来越惊恐，接着是“轰”的一声……飞机最终在高天原山坠毁，前半部撞山起火燃烧，后半部滑落山腰。
