深秋的思念生殖隔离对物种基因起着保护作用。 环境可能会对两者之间的繁殖造成外部障碍，但是仅仅是外部屏障如河流或山脉并不能使早期物种成为独立、成熟的物种。 异域性可能会启动这一过程，但要完成物种形成，内部(即基于基因的)基因流动障碍的进化是必要的。 如果基因流动的内部障碍不进化，如果两部分群体中的个体重新接触，它们将自由杂交。 无论进化出什么样的基因差异，都会随着它们的基因融合在一起而消失。 物种形成要求两个早期物种不能一起产生可存活的后代，或者避免与另一个群体的成员交配。
这里有一些阻碍基因流动的障碍，它们可能有助于物种形成。 它们源于自然选择、性选择，甚至遗传漂变；
不同交配地点、交配时间或交配仪式的演变；
交配的这些方面基于基因的改变可以完成生殖隔离和物种形成的过程。 例如，建造精致鸟巢的园丁鸟，并用不同的颜色装饰，以吸引雌性。 如果两个早期物种在这种交配仪式中进化出差异，可能会永久隔离它们并完成交配过程。
性器官之间缺乏“契合度”；
对我们来说很难想象，但对于生殖器形状多变的昆虫来说，这是一个大问题！
后代不能存活或不育；
如果两组交配的后代不能存活或不能繁殖，那么所有的求爱和交配都是浪费。
地理隔离会引发物种形成事件——但基因变化是完成这一过程的必要条件。
